طبق گفته های اخیر یوبیسافت ، خط داستانی زمان حال اساسینز کرید که قرار بود جزو بخش های اصلی داستان باشد اما با گذشت زمان، کم رنگ و کم رنگ تر شد تا جایی که کمپانی یوبیسافت، در دو نسخه Assassin's Creed IV و Assassin's Creed Unity این بخش را نادیده گرفت، قرار است دوباره به بازی باز گردد!

با توجه به مصاحبه اخیر سازندگان با وبسایت GameSpot، در این نسخه نه تنها خط داستانی زمان حال باز می گردد بلکه فوق العاده تر هم می شود. آقای Marc-Alexis Cote کارگردان هنری بازی گفت:

"داستان کلی بازی به چندین چرخه تقسیم شده؛ در بخش اول ما آنچه را که چرخه Desmond می نامیدیم، داشتیم که در Assassin's Creed 3 به پایان رسید و Black Flag در واقع یک نقطه و آماده کننده شرایط برای انتقال از چرخه Desmond به چرخه ای جدید بود."

وی در ادامه اشاره کرد که:

"من نمی توانم وارد جزئیات خط داستانی زمان حال شوم؛ فقط تایید می کنم که این بخش دوباره بازگشته است و برای بازیکنان با منطق، جور در می آید به طوری که تفاوت بین اساسین ها و تمپلار ها را درک خواهند کرد."